O processo de criptografia de uma cifra de César é frequentemente incorporado como parte de esquemas mais complexos, como a cifra de Vigenère, e continua tendo aplicações modernas, como no sistema ROT13. Como todas ascifras de substituição monoalfabéticas, a cifra de César é facilmente decifrada e na prática não oferece essencialmente nenhuma segurança na comunicação.
A criptografia também pode ser representada usando aritmética modular, primeiro transformando as letras em números, de acordo com o esquema: A = 0, B = 1,… , Z = 25. A criptografia de uma letra por uma troca fixa n pode ser descrita matematicamente como
A descriptografia é feita de modo similar,
(Há diferentes definições para a operação módulo. Acima, o resultado está no intervalo 0...25. Ou seja, se x+n ou x-n não estiverem no intervalo 0...25, deve-se subtrair ou adicionar 26.)
O substituto permanece o mesmo por toda a mensagem, então a cifra é classificada como um tipo de substituição monoalfabética, ao invés de substituição polialfabética.
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